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张亚军曾担任清华大学核研院低温堆总体研究室副主任、主任、核研院副总工程师、副院长等职务，还有多项重要学术兼职，2002年12月晋升为教授。长期从事先进水堆核能系统研发工作，是我国一体化自然循环压水堆领域的技术带头人之一，在科技创新、成果转化和人才培养等方面做出了重大贡献。取得多项重大科技创新成果并成功推向工程应用，被评为我国国防科技工业先进个人，多次获评清华大学先进工作者、优秀共产党员等荣誉称号，获得国务院政府特殊津贴。